Saat ini Universitas Pertahanan Indonesia (UNHAN) memiliki dua Fakultas atau Sekolah Pascasarjana dengan tujuh Program Studi, yaitu:

Sekolah Pascasarjana Strategi Pertahanan

( Postgraduate School of Defense Strategy )

Dengan Program Studi :

1. Program Studi Magister Strategi Perang Semesta
Total War Strategy

2. Program Studi Magister Damai dan Resolusi Konflik

Peace and Conflict Resolution

3. Program Studi Magister Perang Asimetris

Asymetric Warfare

Sekolah Pascasarjana Manajemen Pertahanan

( Postgraduate School of Defense Management )

Dengan Program Studi :

1. Program Studi Magister Menejemen Pertahanan

Defense Management

2. Program Studi Magister Ekonomi Pertahanan

Economic Defense

3. Program Studi Magister  Manajemen Bencana untuk Keamanan Nasional

Disaster Management for National Security

4. Program Studi Magister Keamanan Energi

Energy Security

5. Program Studi Magister Keamanan Maritim

Maritime Security