Proses pendidikan yang dilakukan memiliki kesamaan dengan pendidikan farmasi pada umumnya yang menerapkan sistem pembelajaran Student Centered Learning (SCL). Selain proses pendidikan tersebut, Program Studi S1 llmu Farmasi Fakultas Farmasi Militer Unhan RI menerapkan proses Pendidikan Bela Negara dan Latihan Dasar Kemiliteran (Latsarmil). Latsarmil dilakukan 2 bulan di Akademi Militer Magelang sebelum memulai pendidikan di FFM UNHAN RI dan dilanjutkan di UNHAN RI selama proses pendidikan. Latihan tersebut berupa pembinaan kesamaptaan (lari, pull up, sit up, push up, lunges, dan suttle run), bela diri silat Merpati Putih, renang militer, drom band dan marching band, kolone senapan, latihan menembak, latihan survival yang disesuaikan dengan proyeksi profil Apoteker di lingkungan TNI. Semua kegiatan tersebut wajib diikuti oleh seluruh mahasiswa selama mengikuti pendidikan.